El periodo actual del conflicto Armenio-Azerbaiyano comenzó a finales de 1987 con los ataques de los armenios provocados a los azerbaiyanos en Khankandí (conocido de manera formal durante el periodo Soviético como Stepanakert). El resultado de esto generó una multitud de azerbaiyanos refugiados y gente desplazada internamente al territorio de Azerbaiyán.

El 20 de febrero de 1988, durante la sesión del Consejo Regional de la región autónoma de Nagorno-Karabaj (NKAO por sus siglas en inglés), representantes de la comunidad armenia, adoptaron la decisión de presentar una petición ante los Soviets Supremos de la república Socialista Soviética de Azerbaiyán y la República Socialista Soviética de Armenia para transferir la NKAO de la RSS de Azerbaiyán y anexarla a la RSS de Armenia.

El 22 de febrero de 1988, cerca del poblado de Asarán en la carreta de Khankandí-Aghdám, los armenios abrieron fuego contra una demostración pacifica de los azerbaiyanos que protestaban en contra de la decisión del Consejo Regional de la región autónoma de Nagorno-Karabaj (NKAO) mencionada en el párrafo anterior. Como consecuencia, dos jóvenes azerbaiyanos perdieron la vida y se convirtieron en las primeras víctimas del conflicto.

Desde el 26-al 28 de febrero de 1988, veintiséis armenios y azerbaiyanos murieron como resultado de los disturbios en Sumgait. Cabe resaltar que una de las figuras principales de este evento era Edward Grigorian, un armenio originario de Sumgait, que estaba directamente relacionado con los asesinatos y la violencia en contra de los armenios y los (progroms, palabra rusa que significa un ataque o disturbio) en los vecindarios armenios. Por decisión de la Clasificación del Delito de la suprema corte de Justicia de la RSS de Azerbaiyán dictada el 22 de diciembre de 1989, Grigorian fue sentenciado a 12 años de prisión. La corte halló a Grigorian culpable por ser uno de los organizadores de los disturbios y las masacres. Las declaraciones realizadas por los testigos y las víctimas demostraron que Grigorian poseía una lista de apartamentos habitados por los armenios y junto con otros tres armenios, convocaron a represalias contra los armenios, en las cuales el tomó parte de manera personal. Sus víctimas (todos armenios) identificaron a Grigorian como uno de los organizadores y de las figuras activas en los actos de violencia. De hecho, los eventos en Sumgait eran necesarios para el liderazgo armenio como medio para lanzar una campaña extensiva anti-azerbaiyana y justificar las subsecuentes acciones agresivas, en contra de Azerbaiyán, todas estas planeadas premeditadamente. Durante el periodo de los años 1988 al 1989, los azerbaiyanos fueron forzados a abandonar Armenia.

Durante la deportación masiva, por lo menos 216 azerbaiyanos fueron asesinados y 1,154 personas sufrieron heridas. Los refugiados que venían de Armenia, que finalmente registraban un conteo de aproximadamente 200,000 personas, empezaron a llegar a Azerbaiyán.

El 23 de septiembre de 1989, el Liderazgo del Soviet Supremo de la RSS de Azerbaiyán aprobó la Ley Constitucional: "Sobre la Soberanía de la RSS de Azerbaiyán." La 5ª disposición legal que estipulaba entre otras cosas, "que la Soberanía de la RSS de Azerbaiyán deberá abarcar el territorio por completo, incluyendo las partes integrales de Azerbaiyán: La región autónoma de Najicheván y la región autónoma de Nagorno-Karabaj (NKAO)". También estableció que, "las fronteras de la RSS de Azerbaiyán junto con otra Unión de Repúblicas solo puede modificarse con el consentimiento mutuo de las repúblicas interesadas."

El 1ero de diciembre de 1989, el liderazgo del Soviet Supremo de la RSS de Armenia aprobó la resolución para la reunificación de la RSS de Armenia y de Nagorno-Karabaj .

El 10 de enero de 1990, el Presídium del Soviet Supremo de la URSS aprobó esta resolución: "Sobre la incompatibilidad con la Constitución de la URSS, de los actos realizados por el Soviet Supremo de la RSS de Armenia relacionados con Nagorno-Karabaj." Se establece en ella la ilegalidad de la unificación de la RSS armenia y el Nagorno-Karabaj sin el consentimiento de la RSS de Azerbaiyán.

El 20 de enero de 1990, con la aprobación del liderazgo del Soviet bajo las órdenes de Mijaíl Gorbachov, las unidades del ejército armado fueron enviadas a Bakú. Sus represalias, que fueron llevadas a cabo con un salvajismo fuera de lo normal, dejaron a cientos de ciudadanos Azerbaiyanos heridos y muertos.

En 1991, los Organismos de Orden Público de la URSS, apresaron a docenas de grupos armados de armenios que operaban fuera de Nagorno-Karabaj. De esta manera los grupos armados armenios convirtieron el pueblo de Chaykand del distrito de Janlár de Azerbaiyán en un centro criminal desde donde bombardeaban y acribillaban los pueblos aledaños y las carreteras, aterrorizando a la población local de Azerbaiyán. Tan sólo en el periodo del año 1989 hasta el año 1991, en Chykand y las áreas adyacentes 54 personas fueron víctimas de los grupos armados armenios. En 1992, los azerbaiyanos tomaron control sobre el distrito de Goranboy.

El 30 de agosto de 1991, el liderazgo del Soviet Supremo de Azerbaiyán, a la luz de la ley constitucional del 23 de septiembre de 1989, declaró la restauración del Estado de Independencia establecido en 1918 por la República Democrática de Azerbaiyana (RDA).

El 2 de septiembre de 1991, la Sesión Conjunta del Consejo Regional del distrito regional de Shaumián en Nagorno-Karabaj declaró el establecimiento de la "República de Nagorno-Karabaj" comprendida dentro de las fronteras de la región autónoma de Nagorno-Karabaj y del distrito Shaumián de Azerbaiyán.

La ley Constitucional: "Sobre el estado de Independencia de la república de Azerbaiyán", aprobada el 18 de octubre de 1991, estableció los principios políticos y económicos de la República de Azerbaiyán.

El 26 de noviembre de 1991, el liderazgo supremo de la República de Azerbaiyán aprobó la ley sobre " La abolición de la Provincia (Óblast) Autónoma de Nagorno-Karabaj de la República de Azerbaiyán".

A finales de 1991 y principios de 1992 el conflicto pasó a una fase militar. Aprovechándose de la inestabilidad política como resultado de la disolución de la Unión Soviética y las rencillas en Azerbaiyán, Armenia inició con asistencia militar operaciones de combate en Nagorno-Karabaj .

En febrero de 1992, tuvo lugar una masacre sin precedentes contra la población de Azerbaiyán en el pueblo de Jodyali. Esta sangrienta tragedia, que se conoce como el genocidio de Jodyali, consistió en la exterminación y la captura de miles de azerbaiyanos, el pueblo fue completamente arrasado. Repentinamente desde el 25 al 26 de febrero de 1992 las fuerzas armadas armenias junto con la ayuda de los guardias de infantería del regimiento 366 de la antigua URSS llevaron a cabo la toma de Jodyali. Los habitantes de Jodyali (alrededor de 2,500 personas) permanecieron en el pueblo antes de la noche trágica e intentaron abandonar sus hogares después del comienzo del ataque, para huir a la población más cercana poblada de azerbaiyanos. Pero sus planes fracasaron. Los invasores destruyeron Jodyali y con una particular brutalidad llevaron a cabo una carnicería con los pacíficos pobladores.

Esta brutal aniquilación de cientos de habitantes inocentes de Jodyali fue uno de los crímenes más atroces durante el conflicto armado en los alrededores de la región de Nagorno-Karabaj de la república de Azerbaiyán. Las fuerzas armadas armenias y las unidades militares extranjeras prácticamente no repararon en contra de todos aquellos que no alcanzaron huir de Jodyali y las áreas aledañas. Como resultado de esto, 613 personas fueron asesinadas, incluyendo 106 mujeres, 63 niños y 70 ancianos. 1,275 habitantes fueron tomados como rehenes, mientras que el destino de 150 personas se desconoce hasta la fecha. En el curso de la tragedia 487 habitantes de Jodyali fueron severamente mutilados, incluyendo 76 menores de edad. 6 familias completas fueron exterminadas, 26 niños se quedaron huérfanos, y 130 niños perdieron al menos a uno de sus padres. Entre aquellos que perecieron, 56 personas fueron asesinadas con una crueldad extrema. Fueron quemados vivos, se les arranco el cuero cabelludo estando vivos, fueron decapitados, sus ojos fueron extirpados de sus cavidades, y las mujeres embarazadas fueron empaladas en el abdomen.

Los oficiales armenios negaron la responsabilidad de los crímenes cometidos durante este conflicto, incluyendo aquellos en contra de la población de Jodyali, falsificando de una manera descarada los hechos y compartiendo sus propias interpretaciones acerca de lo sucedido, lo cual desvirtuó no solo la realidad sino también la lógica simple. Sin embargo, incluso la más sutil propaganda, nunca lograría desaprobar los hechos que hablan de una situación diametralmente opuesta a lo que el lado armenio presentó.

Además de la considerable información en posesión de los Organismos de Orden Público de la República de Azerbaiyán, la responsabilidad de los armenios está también documentada por numerosas fuentes independientes y testigos oculares de esta tragedia, que además eran reconocidas por los autores directos de la masacre.

Por ejemplo, Markar Melkonian, hermano del terrorista internacional Monte Melkonian, consideró que lo que sucedió en Jodyali fue una simple consecuencia de los "problemas de disciplina" y la "insubordinación" entre las unidades militares armenias. El declaró lo siguiente:

Alrededor de las 11:00 p.m. una noche antes, 2,000 combatientes armenios avanzaron a través de la maleza por tres lados diferentes de Khojalu, forzando a los residentes a huir por el lado este que estaba libre de paso. En la mañana del 26 de febrero, los refugiados ya habían logrado alcanzar la cúspide este de las montañas de Karabaj, para ponerse a salvo se encontraban iniciando el descenso hacia la ciudad de Azerí en Agdám, que se encontraba a seis mil millas de distancia. Ahí mismo en los montículos de las montañas y sin posibilidad alguna de ponerse a salvo, soldados montañeses de Karabaj los persiguieron. "Dispararon tiro tras tiro," de acuerdo a una mujer refugiada, de nombre Raisa Aslanova, que declaró a un investigador de la ONG Human Rights Watch. Los combatientes árabes entonces desenvainaron sus cuchillos que habían cargado tanto tiempo en sus caderas y comenzaron a apuñalar.

Ahora, el único sonido que se escuchaba era el viento que silbaba entre la maleza seca, un viento que llegaba demasiado pronto para esparcir el hedor de los cadáveres.

Monte pisaba haciendo crujir el pasto en donde yacían los cuerpos de mujeres y niñas dispersados como muñecas rotas. "No hay disciplina," decía entre dientes. El sabía el significado del día de esa fecha: Era un periodo previo al aniversario número cuatro del pogrom (disturbio) que se llevo a cabo en la ciudad de Sumgait. Jodyali era una meta estratégica, pero también había sido un acto de venganza.

En su libro "Jardín Negro: Armenia y Azerbaiyán a través de la paz y la guerra," el periodista británico Thomas de Waal hace referencias a las palabras de la Milicia Armenia: "un Mayor de policía armenio de nombre Valery Babayán, quien sugirió la venganza como móvil de los crímenes. Este le dijo al reportero americano Paul Quinn-Judge que muchos de los combatientes que habían participado en los ataques de Jodyali 'eran originarios de Sumgait y lugares como ese.'

Pero mucho más importante fue lo que el recientemente elegido presidente de Armenia, Serse Sarkisián, tenía que decir acerca de lo que sucedió:

"Antes de Khojali, los azerbaiyanos pensaban que nosotros los armenios bromeábamos, pensaban que no éramos gente que podía alzar sus manos para agredir a la población civil. Hemos sido capaces de romper con este (estereotipo). Y eso es lo que sucedió. Y lo más importante a considerar es que entre esos chicos había unos que huyeron de Bakú y Sumgait"

Como resume Thomas Waal, "Las explicaciones de Sarkisián nos proporcionan un esclarecimiento diferente de la peor de las masacres de la guerra de Karabaj, sugiriendo que los asesinatos fueron, al menos en parte, actos deliberados de asesinatos masivos para causar intimidación."

Los hechos mencionados en el párrafo anterior confirman que la matanza internacional de los civiles del pueblo de Jodyali que tuvo lugar durante los días el 25 y 26 de febrero de 1992, incluyendo a los niños, los ancianos y las mujeres, estaba dirigida a una exterminación masiva, únicamente porque eran Azerbaiyanos. El pueblo de Jodyali fue elegido como escenario para ocupación posterior y para la limpieza de los territorios azerbaiyanos, sembrando terror en los corazones de las personas y ocasionando pánico y miedo antes de que sucediera la horrible masacre.

En mayo de 1992, ocuparon Shushá, el centro administrativo y poblado de la región de Azerbaiyán, comprendido dentro de Nagorno-Karabaj y de Lachyn que es la región situada entre Armenia y Nagorno-Karabaj. En 1993, las fuerzas armadas de Armenia capturaron otras seis regiones de Azerbaiyán alrededor de Nagorno-Karabaj incluyendo: Kalbajar, Aghdám, Fuzulí, Yabraíl, Gubadlí y Zangilán.

De manera contraria a las declaraciones oficiales hechas por Yereván en las que dice que Armenia no está directamente involucrada en el conflicto de Azerbaiyán, hay pruebas irrefutables que dan testimonio contra dichas alegaciones y argumentos de las agresiones militares directas realizadas por la República de Armenia a un estado soberano.

Hay amplia evidencia que prueba la participación de las fuerzas armadas de la República de Armenia y de sus acciones hostiles realizadas en contra de Azerbaiyán. Ya que el objetivo de este informe no permite proporcionar una lista completa de la evidencia disponible, abajo citamos algunos hechos bien documentados acerca de las acciones militares realizadas por Armenia.

En enero de 1994, las Fuerzas Armadas de Azerbaiyán derrotaron en combate a la subdivisión del regimiento â-555 separado de rifle de motor (Con el No de unidad Militar 59016), de la República de Armenia y capturaron a muchos soldados armenios. De acuerdo al documento tomado en pos de la operación de combate, una de las unidades de este regimiento realizó un escape en abril de 1993 desde el pueblo de Vardenis.

Entre los bienes capturados durante las operaciones de combate en Kalbajar, región de Azerbaiyán, estaban mapas de combate con órdenes de batalla dirigidas al comandante del regimiento â-555 separado de rifle de motor y al líder del grupo operacional, firmado por el teniente-general G.Andresian, Jefe del Personal de las Fuerzas Armadas de la República de Armenia. También se encontraron mapas de trabajo de combate de los oficiales del 3er batallón de rifle de motor de la 3er brigada separada de rifle de motor de las Fuerzas Armadas de la República de Armenia. Estos mapas mostraban la decisiónón escrita a mano de emprender el ataque y capturar la región de Kalbajar de Azerbaiyán el primero de abril de 1993.

Las tropas azerbaiyanas también se apropiaron de muchos documentos personales de los ciudadanos de la República de Armenia, que fueron llamados a las filas de combate y enviados a Azerbaiyán para participar en las operaciones de combate. Entre estos había pasaportes nacionales, identificaciones militares expedidas por los diferentes cuerpos encargados de llamar a las filas("comisarios militares") de la República de Armenia, papeles de llamado para unirse a las fuerzas de servicio militar y participar en las reuniones de asamblea convocadas por los cuerpos encargados de llamar a filas de los diferentes distritos de la República de Armenia, así como identificaciones de los empleados del Ministerio interior y el Ministerio de Defensa de la República de Armenia, contratos especiales por ofrecer servicio en las Fuerzas Armadas de la República de Armenia, órdenes de traslado, peticiones para conceder rangos militares, ordenes de llamado a las filas, órdenes de licencia y permisos de enseñanza militar.

Del año de 1992 al año de 1994, las Fuerzas Armadas Armenias ocuparon los siguientes distritos administrativos de la República de Azerbaiyán:

En mayo de 1992-Distrito de Shushá;
En mayo de 1992-El distrito de Lachín localizado entre la antes, región autónoma de Nagorno-Karabaj y la República de Armenia.
En abril de 1993 - el distrito de Kalbajar (situado entre la antes, región autónoma de Nagorno-Karabaj y Armenia, al norte de Lachín);
En julio de 1993 - el distrito de Agdám
En agosto de 1993 - el distrito de Fuzulí
En agosto de 1993 - el distrito de Yabraíl
En agosto de 1993 - el distrito de Gubadlí
En octubre de 1993 - el distrito de Zangilán

El 30 de abril de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la Resolución â-822, que exigía el retiro inmediato de Kalbajar y otras áreas de Azerbaiyán recientemente ocupadas por las fuerzas ocupantes.

El 29 de julio de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la Resolución â-853, que exigía "el retiro absoluto, incondicional e inmediato de Agdám y otros distritos de Azerbaiyán recientemente ocupados por las fuerzas ocupantes involucradas ".

El 14 de octubre de 1993, el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la Resolución â-874, que llamaba a "la inmediata implementación de medidas urgentes y reciprocas estipuladas en la agenda modificada del Grupo de Minsk de la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE por sus siglas en inglés), que incluía el retiro de las fuerzas de los territorios ocupados recientemente".

El 11 de noviembre de 1993, Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la Resolución â-884, la cual condenaba la ocupación del distrito de Zangilán y el pueblo de Horadiz , los ataques a civiles y los bombardeos del territorio de la república de Azerbaiyán, y exigía el retiro unilateral del distrito de Zangilán y Horadiz de las fuerzas ocupantes y el retiro de las fuerzas ocupantes de otras áreas de Azerbaiyán recientemente ocupadas.

En conclusión el conflicto armado en curso en y alrededor de la región Nagorno-Karabaj de la República de Azerbaiyán fue el resultado de la ocupación de casi un quinto del territorio de Azerbaiyán y ocasionó que al menos una de cada ocho personas se convirtiera en una persona internamente desplazada o refugiado. 20,000 personas fueron asesinadas, 50,000 personas fueron heridas o se quedaron inválidos, y se estiman aproximadamente 5,000 ciudadanos azerbaiyanos de los que no se sabe aun su paradero.

La agresión en contra de la República de Azerbaiyán dejó gravemente afectadas las esferas socio-económicos de este país. En los territorios ocupados 871 asentamientos, incluyendo 11 pueblos, 848 poblados: cientos de hospitales e instalaciones médicas fueron destruidas o quemadas. Cientos de miles de casa y departamentos, y miles de edificios de negocio y médicos fueron destruidos o saqueados. Cientos de librerías fueron saqueadas, un gran número de manuscritos valiosos fueron quemados o en su defecto destruidos. Varios auditorios del Estado, cientos de clubs y docenas de escuelas de música también fueron destruidas. Cientos de fábricas del sector agrícola, industria de manufactura y otros sectores más fueron también objeto de pillaje. Un sistema de irrigación de cientos de kilómetros fue también destruido. Cientos de cabezas de ganado ovino y miles de cabezas de ganado vacuno fueron extraídas fuera de los territorios ocupados y llevadas a Armenia. Alrededor de 70% de los pastizales de verano de Azerbaiyán estaban en la zona ocupada. La infraestructura regional, que incluía cientos de puentes, cientos de kilómetros de carreteras, miles de kilómetros de tuberías para abastecimiento de agua, miles de kilómetros de tuberías para abastecimiento de gas, y docenas de estaciones de gas fueron destruidas.

La guerra en contra de Azerbaiyán tuvo también consecuencias catastróficas para su herencia cultural tanto en los territorios ocupados como en Armenia.

De acuerdo a la información previa, el daño infringido en la República de Azerbaiyán como resultado de la agresión armenia está estimado en decenas de miles de millones de dólares.

El 12 de mayo de 1994, se determinó el cese al fuego. Sin embargo, Armenia continúa a violar esta tregua. Desde el verano de 2003, ha habido un incremento grave en las violaciones de cese de fuego por parte de los armenios. Además bombardeos y matanzas de soldados azerbaiyanos que se encontraban en la línea de cese al fuego, los armenios también atacaron civiles que eran residentes en territorios adyacentes.